JRS Burundi a commencé à travailler avec des Burundais déplacés en 1995. Après le retour d’une paix relative dans la région, JRS a porté son soutien à l’intégration de plus de 500 000 anciens réfugiés qui ont commencé à retourner chez eux de la Tanzanie en 2002. A cette époque, JRS avait commencé à fermer graduellement le reste des projets. Toutefois, un conflit civil a commencé en 2015 et une nouvelle rébellion eût des conséquences désastreuses pour le Burundi. Depuis cette époque, JRS a repris ses efforts pour servir les Burundais déplacés et à nouveau réfugiés dans le pays.

Actuellement, JRS Burundi œuvre dans la ville de Bujumbura et dans les provinces de Ruyigi et Muyinga. Dans les provinces, JRS propose une éducation formelle et informelle dans les camps de Kinsama, Musasa à Muyinga ei Kavum et Bwagiriza où plus de 32.000 familles congolaises sont installées depuis longtemps. En outre, le développement de la petite enfance, les sports et les activités récréatives sont également mises en œuvre pour promouvoir le bien-être psychosocial des enfants réfugiés dans les camps.

Avec le soutien du Fonds pour femmes, environ 300 réfugiées urbaines (surtout des jeunes filles) vivant à Bujumbura, la capitale, ont accès à l’éducation publique, ainsi qu’à la formation aux moyens de subsistance, pour promouvoir l’amélioration de leur situation socio-économique et leur intégration dans la communauté locale.

En décembre 2020, le programme du JRS Burundi visant à soutenir l’éducation des enfants aux besoins divers à Bujumbura a reçu une Mention spéciale du Prix des droits de l’homme de la République française – CNCDH.