Con una oficina regional en Nairobi, el JRS África Oriental brinda asistencia a los refugiados y solicitantes de asilo en campamentos y ciudades, así como a personas desplazadas dentro de sus propios países en Etiopía, Kenia, Sudán del Sur y Uganda.

Las principales áreas de trabajo son la educación, la ayuda de emergencia, los medios de vida y el apoyo psicosocial.

El JRS comenzó a trabajar en África a principios de los años ochenta. Una de las primeras operaciones fue Etiopía, suministrando alimentos, refugio y asistencia médica a miles de personas desplazadas dentro del país debido a la guerra y la hambruna.

Durante la década de los 90 se vivió una expansión acelerada de los servicios en la región, ya que el JRS se movilizó para responder a la llegada masiva de refugiados provocada por las múltiples guerras civiles y conflictos interétnicos en Sudán, Somalia, Eritrea, Ruanda, Burundi y la República Democrática del Congo. La mayoría de estos refugiados fueron ubicados en grandes campamentos de refugiados en Kenia, Uganda y Etiopía, habiendo un importante grupo de personas que optó por establecerse en áreas urbanas. Muchos de los proyectos del JRS en África oriental de aquella década siguen todavía, como es el caso de los que están en marcha en los campamentos de Kakuma y Adjumani, y en las ciudades de Nairobi y Kampala.

La creación del nuevo estado de Sudán del Sur, que parecía anunciar un nuevo amanecer de paz en la región, no cumplió con su promesa, y en diciembre de 2013 esa frágil paz se resquebrajó. La violencia y la inestabilidad en Sudán del Sur han llevado a millones de personas al desplazamiento, unas dentro del país y otras buscando la seguridad en las naciones vecinas.

La región ha experimentado un mayor desplazamiento con la erupción del mortal conflicto en Sudán, que obligó a cientos de miles de personas a buscar refugio en los países vecinos.