El JRS Kenia gestiona dos casas de protección temporal para supervivientes de la violencia sexual y de género (SVGB) y para niños con necesidades de protección, ofreciendo una gestión integral de los casos, apoyo psicosocial y formación en habilidades. Estos servicios ayudan a lograr la estabilidad y a desarrollar las habilidades necesarias para la transición a una situación más sostenible.

El JRS Kenia también gestiona cinco centros de protección de necesidades especiales, donde las personas pueden acceder a servicios psicosociales y sus padres/cuidadores pueden recibir asesoramiento y formación. El JRS sigue gestionando centros de protección para personas con discapacidad, ofreciendo servicios esenciales, apoyo psicosocial, y llevando a cabo actividades de divulgación en la comunidad para identificar a más personas discapacitadas en sus hogares.