Sudán del Sur acoge a millones de personas que se vieron obligadas a huir debido a los conflictos y la violencia dentro del país y en su vecino, Sudán. De los afectados, más de 2 millones de personas son desplazados internos y 330.000 son refugiados, en su mayoría de Sudán.

El JRS ofrece diversos servicios en Sudán del Sur. En Maban, el JRS ofrece formación para maestros, material escolar, guarderías para niños discapacitados, visitas a domicilio, asesoramiento y ayuda de emergencia. El JRS en Maban también coordina centros sociales para mujeres refugiadas, al tiempo que les ofrece la oportunidad de aprender corte y confección, habilidades para la vida, y obtener apoyo psicosocial.

El JRS también ofrece apoyo pastoral a la comunidad de acogida, incluyendo 43 puestos parroquiales, apoyando el desarrollo de grupos de liderazgo dentro de la parroquia.
En Yambio, el JRS ofrece becas de educación a las niñas que asisten a la escuela secundaria, kits sanitarios a las alumnas, y becas de formación de maestros para ayudarles a obtener diplomas y títulos de educación. El JRS también ofrece una iniciativa comunitaria y escolar de construcción de la paz que utiliza la mediación y talleres para fomentar la reconciliación en lugar de la violencia.