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El JRS África austral está actualmente presente en Malaui, Sudáfrica, Angola y Zimbabue. La oficina regional se encuentra en Johannesburgo, Sudáfrica.

África austral sufrió conflictos en la antigua Rhodesia y Namibia durante la era del Apartheid. Angola y Mozambique sufrieron guerras civiles y cruentas luchas por el poder tras su repentina independencia de Portugal en 1975. Décadas de conflicto, exacerbadas por la influencia del Apartheid en la cercana Sudáfrica, devastaron ambos países. Con el tiempo, se calmaron las tensiones en la región y, gradualmente, llegó la estabilidad. Como resultado de una serie de negociaciones de paz y del final de la era del Apartheid, en 1992, en Angola y Mozambique se celebraron elecciones democráticas, seguidas por las de Sudáfrica en 1994.

En medio de este contexto, el JRS África Austral se estableció para responder a las necesidades de cientos de miles de mozambiqueños que huían a Zimbabue y Malaui. Al mismo tiempo, decenas de miles de refugiados llegaban a Sudáfrica huyendo de la inestabilidad, principalmente en áreas como África Oriental y los Grandes Lagos. Hasta hoy, los esfuerzos en esta región siguen centrándose en la ayuda de emergencia, la educación, los medios de vida y el apoyo legal.