El JRS Burundi comenzó a trabajar con desplazados internos burundeses en 1995. Con la llegada de una paz relativa a la región, el Servicio Jesuita a Refugiados cambió su apoyo y empezó a trabajar en la integración de más de 500.000 ex refugiados que comenzaron a regresar a su país desde 2002. En ese momento, el JRS comenzó a cerrar gradualmente los proyectos que quedaban. Sin embargo, el conflicto civil rebrotó en 2015, y una nueva rebelión está teniendo consecuencias desastrosas para Burundi. Desde entonces, el JRS ha incrementado sus esfuerzos para servir a los desplazados burundeses y a los refugiados que hay en el país una vez más.

Actualmente, el JRS Burundi trabaja en la ciudad de Bujumbura y en las provincias de Ruyigi y Muyinga. En las provincias, el JRS facilita la educación formal e informal en los campamentos de Kinama y Musasa (en Muyinga), y en Kavumu y Bwagiriza (en Ruyigi), donde más de 32.000 familias congoleñas llevan asentadas desde hace tiempo. Además, se impulsan actividades para el desarrollo de la primera infancia, deportes y actividades de ocio para promover el bienestar psicosocial de las niñas y niños refugiados en los campamentos.

Con el apoyo de Fund for Women, unas 300 personas refugiadas urbanas (en su mayoría niñas) que viven en Bujumbura, la capital del país, tienen acceso a la educación pública y formación en medios de vida para promover una mejora en su situación socioeconómica y su integración en las comunidades locales vecinas.

En diciembre de 2020, el programa del JRS Burundi para apoyar la educación de los niños con necesidades diversas en Bujumbura recibió una Mención Especial del Premio de Derechos Humanos de la República Francesa – CNCDH.