Avec un bureau régional à Nairobi, JRS Afrique de l’Est fournit de l’aide aux réfugiés et aux demandeurs d’asile dans des camps et des villes ainsi qu’à des personnes déplacées dans leur propre pays en Ethiopie, Kenya, Soudan du Sud et Ouganda. 

Les principaux domaines d’action sont l’éducation, l’aide d’urgence, les moyens de subsistance et le soutien psychosocial. JRS a commencé à travailler en Afrique au début des années 1980. Une des premières opérations a eu lieu en Ethiopie, pour apporter de la nourriture, des abris et une aide médicale à des milliers de personnes déplacées dans le pays à cause de la guerre et de la famine. 

Les années 1990 ont vu la plus rapide expansion de services dans la région, quand JRS s’est chargé de répondre à l’arrivée massive de réfugiés causée par les multiples guerres civiles et conflits entre ethnies au Soudan, en Somalie, en Erythrée, au Rwanda, au Burundi et en République Démocratique du Congo. La plupart de ces réfugiés ont été accueillis dans de grands camps de réfugiés au Kenya, en Ouganda et en Ethiopie, avec une partie de la population choisissant de s’établir dans les zones urbaines. De nombreux projets JRS pour l’Afrique de l’Est de cette décennie existent encore aujourd’hui notamment ceux de Kakuma, Adjumani, Nairobi et Kampala. 

La création de la nouvelle nation de Soudan du Sud, qui promettait une nouvelle aube de paix dans la région, n’a pas réalisé ses promesses et, en décembre 2013, la paix fragile s’est effondrée. La violence et l’instabilité qui ont suivi au Soudan du Sud ont conduit à des millions de personnes à se déplacer, et beaucoup plus cherchant la sécurité dans les pays voisins. 

La région a connu un déplacement supplémentaire avec l’éruption du conflit mortel au Soudan, qui a forcé des centaines de milliers de personnes à chercher refuge dans les pays voisins.